Limbah PLTU Tanjung Jati B baik fly ash maupun bottom ash cukup banyak jumlahnya dan memiliki nilai ekonomis. Beberapa pabrik semen memanfaat limbah PLTU Tanjung Jati B sebagai salah satu bahan produksi semen mereka.
Masalah pengelolaan limbah pihak PLTU Tanjung Jati B sudah menyerahkan sepenuhnya kepada Perusda Jepara. Jadi jika dalam proses pengangkutan limbah terjadi persoalan termasuk mengenai pemasukan ke Pendapatan Asli Daerah maka itu menjadi tanggung jawab langsung Perusda.
Setiap harinya tercatat sekitar 60 sampai 70 truk pengangkut limbah keluar masuk PLTU Tanjung Jati B. Pengambilan limbah tersebut gratis (zero cost) dan pihak PLTU yang dalam hal ini PLN Tanjung Jati B tidak meminta pembagian keuntungan dari hasil penjualan limbah tersebut. Meski demikian PLN Tanjung Jati B akan tetap ikut mengevaluasi jika ada masalah terkait limbah PLTU Tanjung Jati B.